Κατά τη γνώμη μου δεν μπορεί η επιδιόρθωση/επισκευή της στέγης να επηρεάζει τη νομιμότητα του κτηρίου.

Αν απ' την άλλη έχει συντελεστεί ολική καθαίρεση της παλιάς στέγης και κατασκευή νέας όπως επισημαίνεις, τότε θα πρέπει να ελεγχθεί αν έχουμε αύξηση του όγκου της στέγης.
Αν δεν έχουμε, δεν νομίζω ότι υπάρχει θέμα.

Βέβαια, σημασία έχει και αν η στέγη είναι αυτοφερόμενη ή εδράζεται σε πλάκα οπλισμένου σκυροδέματος. Προκύπτουν δηλαδή και θέματα στατικής επάρκειας στην πρώτη περίπτωση που άνευ οικοδομικής άδειας εγείρουν όντως θέμα νομιμότητας.